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[tel-05636085] Diversité génétique et fonctionnelle du NLRome/résistome chez le melon
Les gènes du type Nucleotide-binding leucine-rich repeat (NLR) constituent l’une des principales familles de gènes de résistance chez les plantes et jouent un rôle central dans l’immunité du type « Effector-Triggered Immunity ». Ces NLR sont fréquemment organisés en clusters de gènes présentant de nombreuses variations du nombre de copies ainsi que des polymorphismes de présence–absence. Cette organisation influence les modes d’évolution des NLRs : elle favorise leur diversification via des recombinaisons inégales, des conversions géniques ou d’autres sources de variation, tout en maintenant une stabilité fonctionnelle lorsque nécessaire. Chez le melon (Cucumis melo) et plus largement au sein des Cucurbitacées, le nombre de NLR est relativement faible comparé à d’autres espèces de taille génomique similaire, soulevant la question de la manière dont ces cultures font face à une pression pathogène élevée avec un répertoire aussi réduit. Cependant, la diversité intraspécifique des NLRs reste mal caractérisée chez le melon, principalement en raison des difficultés à analyser ces loci complexes à l’aide de séquençage à courtes lectures.Nous avons appliqué la méthode du séquençage ciblé « Nanopore Adaptive Sampling » (NAS) afin d’enrichir sélectivement les régions NLRs (« NLRome ») dans 143 accessions de melon représentant une large diversité botanique et géographique. Ce séquençage sélectif a permis un bon enrichissement et une reconstruction précise des régions ciblées, rendant possible la construction d’un pan-NLRome. L’annotation des NLRs a révélé une variation importante de l’architecture des clusters, des profils de présence–absence et du contenu allélique des NLRs, avec des courbes de diversité allélique non saturées soulignant les limites des approches fondées sur une seule référence. En effet, les estimations de diversité ont suggéré que près de la moitié de la diversité allélique des NLRs reste à découvrir après l’assemblage de 143 NLRomes. En exploitant cet ensemble de données, nous avons mis en œuvre des GWAS ciblant le NLRome basées sur des k-mers ainsi que des GWAS utilisant un graphe du pan-NLRome. Ces approches ont fourni une résolution supérieure à celle des GWAS classiques sur les SNPs, permettant de localiser avec une haute précision des gènes de résistance déjà validés expérimentalement, tels que Fom-1 et Fom-2 contre la fusariose. Elles ont également permis d’identifier de nouveaux candidats NLR ainsi que des gènes non-NLR positionnés au sein de clusters NLR. La disponibilité de multiples assemblages du NLRome a aussi permis de discriminer les haplotypes résistants et sensibles au sein du panel de diversité.Nous avons étendu ces approches à la dissection de l’architecture génétique de la résistance au clone CUC1 d’Aphis gossypii, émergent en Europe. Des GWAS basées sur les SNPs à l’échelle du génome combinées à de la cartographie génétique ont identifié des loci de caractères quantitatifs agissant à différentes étapes de l’interaction plante–puceron. Les GWAS ciblant le NLRome ont fourni une résolution allélique d’un QTL de résistance à la colonisation sur le chromosome 5, correspondant au locus Vat bien connu. La caractérisation fonctionnelle de 20 homologues de Vat présentant quatre motifs R65aa, vraisemblablement impliqués dans la résistance aux pucerons, a révélé des profils de réponse distincts face à cinq clones d’A. gossypii, limitant efficacement la transmission virale de manière clone-spécifique.Dans l’ensemble, nos résultats offrent une vision à haute résolution de la diversité des NLR chez le melon, révélant de multiples déterminants de résistance quantitative qui resteraient indétectables dans un paradigme à référence unique. Ces ressources et cadres analytiques ouvrent la voie à une dissection précise de l’architecture génétique de la résistance à de multiples bioagresseurs, tout en soutenant le déploiement stratégique des résistances identifiées dans les programmes d’amélioration variétale.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Javier Belinchon Moreno) 28 May 2026
https://theses.hal.science/tel-05636085v1
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[hal-03943821] État des connaissances sur la contribution des technologies d'édition du génome à l’amélioration des plantes pour la transition agroécologique et l'adaptation au changement climatique
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Carole Caranta) 23 Jan 2023
https://hal.inrae.fr/hal-03943821v1
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[hal-04841808] Méthodes d’évaluation des risques sanitaires et environnementaux et des enjeux socio-économiques associés aux plantes obtenues au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques (NTG)
Depuis le 1er janvier 2022, conformément à l’ordonnance n° 2021-1325 du 13 octobre 2021 et au décret n° 2021-1905 du 30 décembre 2021, l’Anses reprend les missions du Haut conseil des biotechnologies (HCB) concernant l’évaluation des risques pour l’environnement de l’ensemble des utilisations de biotechnologies en milieu ouvert, et les impacts socioéconomiques. L’Anses a été saisie dans le cadre de ces nouvelles missions par la Direction générale de la prévention des risques (DGPR) et la Direction générale de l’alimentation (DGAl) sur l’utilisation des nouvelle techniques génomiques (NTG) sur les végétaux. Les autres instances ayant repris les missions du HCB, à savoir le Conseil économique, social et environnemental (CESE) et le Comité consultatif national d’éthique (CCNE), ont également été sollicité sur cette question sur les périmètres correspondant respectivement aux questions sociétales et éthiques. Par ailleurs, il convient de noter que de nombreux acteurs institutionnels publics, organisations professionnelles et syndicales ont également produit des rapports sur les NTG. Le rapport d’expertise collective est réalisé dans le périmètre des missions de l’Anses sur les biotechnologies, incluant l’évaluation des risques sanitaires et environnementaux et les impacts socio-économiques. Il vise à éclairer les demandeurs sur ce périmètre qui couvre seulement une partie des enjeux liés à l’utilisation des NTG dans le domaine de la sélection végétale. Les questions instruites dans ce rapport sont donc limitées à ce périmètre et les conclusions devront être prises en compte uniquement dans ce cadre et mises en perspective avec les avis des autres instances sollicitées. Il convient de noter que cette expertise a été engagée avant la proposition de règlement de la Commission du 5 juillet 20231. Suite à sa publication, l’Anses a décidé de s’autosaisir afin de mener une analyse des critères définissant les plantes NTG de catégorie 1, considérées comme équivalentes aux plantes conventionnelles, exposés dans l’annexe 1 et justifiés par une note technique diffusée par la Commission européenne en octobre (Anses 2023). Cette analyse a été réalisée en parallèle et ses conclusions n’ont donc pas été prises en compte dans le présent travail d’expertise, réalisé dans le cadre du périmètre défini précédemment, qui ne fait pas la distinction entre les plantes NTG de catégorie 1 et 2.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Michel Gautier) 16 Dec 2024
https://cnrs.hal.science/hal-04841808v1
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[anses-05173229] Avis de l’Anses relatif au projet de décret relatif à la modification de la liste des techniques d’obtention d’organismes génétiquement modifiés ayant fait l’objet d’une utilisation traditionnelle et dont la sécurité pour la santé publique ou l’environnement est avérée depuis longtemps
L’Anses a été saisie le 21 novembre 2024 par la Direction générale de l’alimentation (DGAl) et la Direction générale de la prévention des risques (DGPR) pour : « rendre un avis sur le projet de décret relatif à la modification de la liste des techniques d’obtention d’organismes génétiquement modifiés ayant fait l’objet d’une utilisation traditionnelle et dont la sécurité pour la santé publique ou l’environnement est avérée depuis longtemps, en application de l’article L. 531-2 du code de l’environnement. » CONTEXTE ET OBJET DE LA SAISINE Conformément à l’article L. 531-2 du Code de l’environnement, la liste des techniques, citées dans l’article D. 531-2, permettant d’obtenir des organismes génétiquement modifiés (OGM), ayant « fait l’objet d’une utilisation traditionnelle sans inconvénient avéré pour la santé publique ou l’environnement », et dont les produits ne sont donc pas soumis aux dispositions prévues par les articles L. 125-3, L. 515-13 et L. 531-1 à L. 537-1 du Code de l’environnement, est fixée par décret après avis de l’Anses. Suite à un recours engagé en 2015 par la Confédération paysanne et d’autres organisations portant sur les variétés rendues tolérantes aux herbicides, notamment celles obtenues au moyen de techniques de mutagenèse, le Conseil d’État (CE) a interrogé à deux reprises la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) sur les techniques permettant d’obtenir des OGM entrant dans le champ d’application de la directive n° 2001/18/CE1. Les conclusions de la CJUE sont exposées dans deux arrêts, rendus les 25 juillet 20182 et 7 février 20233. Afin de mettre en œuvre les décisions du CE du 7 février 20204 et du 23 octobre 20245, prenant en compte ces deux arrêts, un projet de décret a été élaboré par les autorités françaises. Dans ce contexte, la DGAl et la DGPR ont donc saisi l’Anses pour avis sur le projet de décret relatif à la modification de l’article D.531-2 du Code de l’environnement. Le CE précise, au considérant 5. de sa décision du 23 octobre 2024, qu’ « il appartient au Premier ministre d'adopter un projet de décret modifiant l'article D. 531-2 du code de l'environnement, qui fixe la liste des techniques permettant l'obtention d'organismes génétiquement modifiés qui, en application de l'article L. 531-2 du même code, ne sont pas soumis aux dispositions du titre III du livre V de ce code, afin d'ajouter, au premier alinéa, après les mots « comme donnant lieu à une modification génétique », les mots « ou qui ont fait l'objet d'une utilisation traditionnelle et dont la sécurité pour la santé publique ou l'environnement est avérée depuis longtemps », et au a) du 2°, après le mot « mutagenèse », le mot « aléatoire » ». Le CE précise que le décret devra être adopté dans un délai de quatre mois à compter de sa décision, après avis de l’Anses.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Laurence Vernis) 22 Jul 2025
https://anses.hal.science/anses-05173229v1
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[hal-04974184] Centre de Ressources Biologiques CRB-Lég INRAE -PACA
Activités principales, fonctionnement et caractéristiques du CRB Légumes
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Manon Bouët) 03 Mar 2025
https://hal.science/hal-04974184v1
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[hal-02743151] Genome ENgineering Improvement for Useful plants of a Sustainable agriculture
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Fabien F. Nogué) 03 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02743151v1
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[hal-02995948] Gérer les épidémies virales en combinant résistances aux virus et résistances aux pucerons : quel intérêt ?
Les résistances génétiques ont permis de réduire fortement l’impact des maladies virales chez de nombreuses plantes cultivées. Les résistances peuvent être dirigées directement contre les virus, mais aussi contre leurs pucerons vecteurs. Dans ce travail, nous montrons que la résistance au puceron Aphis gossypii chez le melon permet de réduire significativement les épidémies aussi bien d’un virus transmis selon le mode non persistant, le CMV, que celles d’un virus transmis selon le mode persistant, le CABYV. Par ailleurs, l’utilisation d’un modèle mathématique nous a permis d’explorer l’intérêt d’utiliser conjointement des résistances aux pucerons et au virus pour renforcer le contrôle des épidémies virales dans différents contextes agro-écologiques représentatifs de la culture du melon dans le Sud-Est de la France. Si les effets bénéfiques d’une telle association sont fortement probables dans le cas du CABYV, ils demeurent largement incertains (mais en aucun cas néfastes) pour le contrôle du CMV
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Nathalie Boissot) 09 Nov 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02995948v1
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[hal-04711840] Integrative multi-environmental genomic prediction in apple
ABSTRACT Genomic prediction for multiple environments can aid the selection of genotypes suited to specific soil and climate conditions. Methodological advances allow effective integration of phenotypic, genomic (additive, non-additive), and large-scale environmental (enviromic) data into multi-environmental genomic prediction models. These models can also account for genotype-by-environment interaction, utilize alternative relationship matrices (kernels), or substitute statistical approaches with deep learning. However, the application of multi-environmental genomic prediction in apple remained limited, likely due to the challenge of building multi-environmental datasets and structurally complex models. Here, we applied efficient statistical and deep learning models for multi-environmental genomic prediction of eleven apple traits with contrasting genetic architectures by integrating genomic- and enviromic-based model components. Incorporating genotype-by-environment interaction effects into statistical models improved predictive ability by up to 0.08 for nine traits compared to the benchmark model. This outcome, based on Gaussian and Deep kernels, shows these alternatives can effectively substitute the standard G-BLUP. Including non-additive effects slightly improved predictive ability by up to 0.03 for two traits, but enviromic-based effects resulted in no improvement. The deep learning approach achieved the highest predictive ability for three traits with simpler genetic architectures, outperforming the benchmark by up to 0.10. Our results demonstrate that the tested statistical models capture genotype-by-environment interactions particularly well, and the deep learning models efficiently integrate data from diverse sources. This study will foster the adoption of multi-environmental genomic prediction to select apple cultivars adapted to diverse environmental conditions, providing an opportunity to address climate change impacts.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Michaela Jung) 27 Sep 2024
https://hal.inrae.fr/hal-04711840v1
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[hal-02791082] The genomic basis of colour pattern polymorphism in the harlequin ladybird
Many animal species are comprised of discrete phenotypic forms. Understanding the genetic mechanisms generating and maintaining such phenotypic variation within species is essential to comprehending morphological diversity. A common and conspicuous example of discrete phenotypic variation in natural populations of insects is the occurrence of different colour patterns, which has motivated a rich body of ecological and genetic research. The occurrence of dark, i.e. melanic, forms, displaying discrete colour patterns, is found across multiple taxa, but the underlying genomic basis remains poorly characterized. In numerous ladybird species (Coccinellidae), the spatial arrangement of black and orange patches on adult elytra varies wildly within species, forming strikingly different complex colour patterns. In the harlequin ladybird Harmonia axyridis, more than 200 distinct colour forms have been described, which classic genetic studies suggest result from allelic variation at a single, unknown, locus. Here, we combined whole-genome sequencing, population genomics, gene expression and functional analyses, to establish that the gene pannier controls melanic pattern polymorphism in H. axyridis. We show that pannier, which encodes an evolutionary conserved transcription factor, is necessary for the formation of melanic elements on the elytra. Allelic variation in pannier leads to protein expression in distinct domains on the elytra, and thus determines the distinct colour patterns in H. axyridis. Recombination between pannier alleles may be reduced by a highly divergent sequence of ca. 170 kb in the cis-regulatory regions of pannier with a 50 kb inversion between colour forms. This likely helps maintaining the distinct alleles found in natural populations. Thus we propose that highly variable discrete colour forms can arise in natural populations through cis-regulatory allelic variation of a single gene.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Mathieu Gautier) 05 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02791082v1
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[hal-03619354] Large-scale geography survey provides insights into the colonization history of a major aphid pest on its cultivated apple host in Europe, North America and North Africa
With frequent host shifts involving the colonization of new hosts across large geographical ranges, crop pests are good models for examining the mechanisms of rapid colonization. The microbial partners of pest insects may also be involved in or affected by colonization processes, which has been little studied so far. We investigated the demographic history of the rosy apple aphid, Dysaphis plantaginea, a major pest of the cultivated apple (Malus domestica) in Europe, North Africa and North America, as well as the diversity of its microbiota. We genotyped a comprehensive sample of 714 colonies from Europe, Morocco and the US using mitochondrial (CytB and CO1), bacterial (16s rRNA and TrnpB), and 30 microsatellite markers. We detected five populations spread across the US, Morocco, Western and Eastern Europe and Spain. Populations showed weak genetic differentiation and high genetic diversity, except the ones from Morocco and North America that are likely the result of recent colonization events. Coalescent-based inferences revealed high levels of gene flow among populations during the colonization but did not allow determining the sequence of colonization of Europe, North America and Morroco by D. plantaginea, likely because of the weak genetic differentiation and the occurrence of gene flow among populations. We found that D. plantaginea rarely hosts other endosymbiotic bacteria than its obligate nutritional symbiont Buchnera aphidicola. This suggests that secondary endosymbionts did not play an important role in the rapid spread of the rosy apple aphid. These findings have fundamental importance for understanding pest colonization processes and implications for sustainable pest control programs.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (S Olvera-Vazquez) 30 Mar 2022
https://hal.science/hal-03619354v1
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[hal-02744095] PERPHECLIM ACCAF Project - Perennial fruit crops and forest phenology evolution facing climatic changes
Phenology is a bio-indicator of climate evolutions. Measurements of phenological stages on perennial species provide actually significant illustrations and assessments of the impact of climate change. Phenology is also one of the main key characteristics of the capacity of adaptation of perennial species, generating questions about their consequences on plant growth and development or on fruit quality. Predicting phenology evolution and adaptative capacities of perennial species needs to override three main methodological limitations: 1) existing observations and associated databases are scattered and sometimes incomplete, rendering difficult the implementation of multi-site study of genotype-environment interaction analyses; 2) there are no common protocols to observe phenological stages; 3) access to generic phenological models platforms is still very limited. In this context, the PERPHECLIM project, which is funded by the Adapting Agriculture and Forestry to Climate Change Meta-Program (ACCAF) from INRA, has the objective to develop the necessary infrastructure at INRA level (observatories, information system, modeling tools) to enable partners to study the phenology of various perennial species (grapevine, fruit trees and forest trees). Currently the PERPHECLIM project involves 27 research units in France. The main activities currently developed are: defining protocols and observation forms to observe phenology for various species of interest for the project; organizing observation training; developing generic modeling solutions to simulate phenology; supporting the building of research projects at national and international level; developing environment/genotype observation networks for fruit trees species; developing an information system managing data and documentation concerning phenology. Finally, PERPHECLIM aims to build strong collaborations with public (Observatoire des Saisons) and private sector partners (technical institutes) in order to allow a more direct transfer of knowledge.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Iñaki García de Cortázar-Atauri) 03 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02744095v1
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[hal-02743994] PERPHECLIM ACCAF Project - Perennial fruit crops and forest phenology evolution facing climatic changes
Phenology is a bio-indicator of climate evolutions. Measurements of phenological stages on perennial species provide actually significant illustrations and assessments of the impact of climate change. Phenology is also one of the main key characteristics of the capacity of adaptation of perennial species, generating questions about their consequences on plant growth and development or on fruit quality. Predicting phenology evolution and adaptative capacities of perennial species needs to override three main methodological limitations: 1) existing observations and associated databases are scattered and sometimes incomplete, rendering difficult the implementation of multi-site study of genotype-environment interaction analyses; 2) there are no common protocols to observe phenological stages; 3) access to generic phenological models platforms is still very limited. In this context, the PERPHECLIM project, which is funded by the Adapting Agriculture and Forestry to Climate Change Meta-Program (ACCAF) from INRA, has the objective to develop the necessary infrastructure at INRA level (observatories, information system, modeling tools) to enable partners to study the phenology of various perennial species (grapevine, fruit trees and forest trees). Currently the PERPHECLIM project involves 27 research units in France. The main activities currently developed are: defining protocols and observation forms to observe phenology for various species of interest for the project; organizing observation training; developing generic modeling solutions to simulate phenology; supporting the building of research projects at national and international level; developing environment/genotype observation networks for fruit trees species; developing an information system managing data and documentation concerning phenology. Finally, PERPHECLIM aims to build strong collaborations with public (Observatoire des Saisons) and private sector partners (technical institutes) in order to allow a more direct transfer of knowledge.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Iñaki García de Cortázar-Atauri) 03 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02743994v1
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[hal-04344124] A decade of studies in France to decipher the genetic/molecular basis of eggplant resistance to bacterial wilt
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Cyril Jourda) 14 Dec 2023
https://univ-reunion.hal.science/hal-04344124v1
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[hal-04195740] Cross-adaptation of endive necrotic mosaic potyvirus to different species of the Asteraceae is due to VPg mutations with pleiotropic effects
Cross-adaptation occurs when adaptation to a novel environment, for example a novel host species, drives also an adaptation to another environment to which the organism was not exposed and that did not act as a selection factor. In natural conditions, endive necrotic mosaic virus (ENMV) is mostly confined to wild salsify (Tragopogon pratensis) and infects occasionally lettuce (Lactuca sativa) crops. To investigate the capacity of viruses to infect novel host species and the associated mechanisms, we performed an experimental evolution of ENMV in five species of the family Asteraceae (L. sativa, T. pratensis, Calendula arvensis, Zinnia elegans or Cichorium endivia). Increase in viral pathogenicity was observed in C. arvensis and Z. elegans only and crossadaptations between C. arvensis and Z. elegans were also noticed. Parallel nonsynonymous substitutions were observed at different nucleotide positions in the VPg cistron of the adapted ENMV populations, and were candidates for the observed pathogenicity changes. Some of these were shared between C. arvensis- and Z. elegans-evolved populations, and could explain the crossadaptations. Using a reverse genetics approach with an infectious cDNA clone of ENMV, we validated that several of these mutations were sufficient to confer adaptation to C. arvensis, Z. elegans or both. This result indicates that the molecular mechanisms involved in host jumps of ENMV, i.e. adaptation to novelspecies, can be similar to those involved in resistance breakdown for other potyviruses, i.e.adaptation to novel genotypes carrying resistance genes within a species, since they involve the same viral protein and, partly, the same protein domains. Using a larger set of species of the Asteraceae, we are now testing the hypothesis that such crossadaptations occur preferentially at the within-tribe level in this botanical family.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Benoît Moury) 04 Sep 2023
https://hal.inrae.fr/hal-04195740v1
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[hal-01667268] Database Of Weeds In Cultivation Fields Of France And Uk, With Ecological And Biogeographical Information
The database includes a list of 1577 weed plant taxa found in cultivated fields of France and UK, along with basic ecological and biogeographical information. The database is a CSV file in which the columns are separated with comma, and the decimal sign is ".". It can be imported in R with the command "tax.discoweed <- read.csv("tax.discoweed_18Dec2017_zenodo.csv", header=T, sep=",", dec=".", stringsAsFactors = F)" Taxonomic information is based on TaxRef v10 (Gargominy et al. 2016), - 'taxref10.CD_REF' = code of the accepted name of the taxon in TaxRef, - 'binome.discoweed' = corresponding latine name, - 'family' = family name (following APG III), - 'taxo' = taxonomic rank of the taxon, either 'binome' (species level) or 'infra' (infraspecific level), - 'binome.discoweed.noinfra' = latine name of the superior taxon at species level (different from 'binome.discoweed' for infrataxa), - 'taxref10.CD_REF.noinfra' = code of the accepted name of the superior taxon at species level. The presence of each taxon in one or several of the following data sources is reported: - Species list from a reference flora (observations in cultivated fields over the long term, without sampling protocol), * 'jauzein' = national and comprehensive flora in France (Jauzein 1995), - Species lists from plot-based inventories in cultivated fields, * 'za' = regional survey in 'Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre' in SW France (Gaba et al. 2010), * 'biovigilance' = national survey of cultivated fields in France (Biovigilance, Fried et al. 2008), * 'fse' = Farm Scale Evaluations in England and Scotland, UK (Perry, Rothery, Clark et al., 2003), * 'farmbio' = Farm4Bio survey, farms in south east and south west of England, UK (Holland et al., 2013) - Reference list of segetal species (species specialist of arable fields), * 'cambacedes' = reference list in France (Cambacedes et al. 2002) Life form information is extracted from Julve (2014) and provided in the column 'lifeform'. The classification follows a simplified Raunkiaer classification (therophyte, hemicryptophyte, geophyte, phanerophyte-chamaephyte and liana). Regularly biannual plants are included in hemicryptophytes, while plants that can be both annual and biannual are assigned to therophytes. Biogeographic zones are also extracted from Julve (2014) and provided in the column 'biogeo'. The main categories are 'atlantic', 'circumboreal', 'cosmopolitan, 'Eurasian', 'European', 'holarctic', 'introduced', 'Mediterranean', 'orophyte' and 'subtropical'. In some cases, a precision is included within brackets after the category name. For instance, 'introduced(North America)' indicates that the taxon is introduced from North America. In addition, some taxa are local endemics ('Aquitanian', 'Catalan', 'Corsican', 'corso-sard', 'ligure', 'Provencal'). A single taxon is classified 'arctic-alpine'. Red list status of weed taxa is derived for France and UK: - 'red.FR' is the status following the assessment of the French National Museum of Natural History (2012), - 'red.UK' is based on the Red List of vascular plants of Cheffings and Farrell (2005), last updated in 2006. The categories are coded following the IUCN nomenclature. A habitat index is provided in column 'module', derived from a network-based analysis of plant communities in open herbaceous vegetation in France (Divgrass database, Violle et al. 2015, Carboni et al. 2016). The main habitat categories of weeds are coded following the Divgrass classification, - 1 = Dry calcareous grasslands - 3 = Mesic grasslands - 5 = Ruderal and trampled grasslands - 9 = Mesophilous and nitrophilous fringes (hedgerows, forest edges...) Taxa belonging to other habitats in Divgrass are coded 99, while the taxa absent from Divgrass have a 'NA' value. Two indexes of ecological specialization are provided based on the frequency of weed taxa in different habitats of the Divgrass database. The indexes are network-based metrics proposed by Guimera and Amaral (2005), - c = coefficient of participation, i.e., the propensity of taxa to be present in diverse habitats, from 0 (specialist, present in a single habitat) to 1 (generalist equally represented in all habitats), - z = within-module degree, i.e., a standardized measure of the frequency of a taxon in its habitat; it is negatve when the taxon is less frequent than average in this habitat, and positive otherwise; the index scales as a number of standard deviations from the mean.
ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (François Munoz) 19 Dec 2017
https://hal.science/hal-01667268v1
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[hal-03710218] Identification of volatile organic compounds emitted by the almond tree in view of developing a biocontrol tool for Eurytoma amygdali
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Anjelica Leconte) 30 Jun 2022
https://hal.science/hal-03710218v1
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[hal-04154374] EXploring PhenOtypic SpacE for mining genotypes and alleles in Maize
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Emilie Millet) 06 Jul 2023
https://hal.inrae.fr/hal-04154374v1
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[hal-03689913] A high-throughput image analysis method for assessing pepper quantitative resistance to Cucumber mosaic virus
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Judith Hirsch) 07 Jun 2022
https://hal.inrae.fr/hal-03689913v1
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[hal-02761992] Développement de Bremia lactucae sur une variété de laitues cultivée en association avec une résistance introgressée de Lactuca virosa
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Brigitte B. Maisonneuve) 04 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02761992v1
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[hal-02805852] What do spring migrants reveal about sex and host selection in the melon aphid
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ano.nymous@ccsd.cnrs.fr.invalid (Sophie Thomas) 06 Jun 2020
https://hal.inrae.fr/hal-02805852v1
